Milano può essere definita "città massonica" per eccellenza. Nel 1756 fu fondata una loggia a Milano, subito scoperta dalle autorità austriache; il fatto determinò un editto (6 maggio 1757) con il quale il governatore, Francesco duca di Modena, vietava le riunioni massoniche in tutto il territorio dello Stato Lombardo. Ma la loggia continuò ad esistere e nel 1783 aderì alla Gran Loggia di Vienna. L'anno successivo il conte Wilczeck, ministro plenipotenziario imperiale a Milano, assunse la carica di gran maestro provinciale per la Lombardia austriaca.

Con la conquista napoleonica, il 16 marzo 1805, venne ufficialmente fondato a Milano il Supremo Consiglio d'Italia del Rito Scozzese Antico e Accettato, per opera del conte francese Alexandre François Auguste de Grasse Tilly, in virtù dei poteri conferitigli dal Supremo Consiglio di Charleston (il primo Supremo Consiglio del Rito Scozzese Antico e Accettato). Il 20 giugno 1805, per iniziativa degli stessi fondatori del Supremo Consiglio fu costituito il Grande Oriente del Rito Scozzese Antico e Accettato. In quell'occasione vennnero eletti come Sovrano Gran Commendatore il Viceré d'Italia Eugenio di Beauharnais e come Gran Cancelliere il principe Gioacchino Murat.

Milano contava una decina di Logge.

Milano si può senz' altro considerare uno dei luoghi dove ha mosso i primi passi la moderna massoneria italiana e anche una delle città di riferimento per tutto l'Ottocento. Tra i "fratelli" milanesi si annoverano diversi protagonisti della storia; alcuni sono ricordati dalla toponomastica cittadina, altri, invece, sono riconoscibili perché nei loro sepolcri, al Cimitero  Monumentale,  hanno voluto che fossero raffigurati i loro simboli, come nel caso della tomba di Fedele Sala, nelle sale dell'ex crematorio, il primo in Europa, voluto dal massone Alberto Keller,  sulla quale sono riprodotte la squadra intrecciata al compasso, le colonne Jakin e Boaz, il Delta con l'occhio del grande Architetto dell'Universo e molto altro.

Nonostante ciò le tracce architettoniche della storia massonica sono pochissime.

Una è il cosiddetto "Tempio della Notte" nel Parco di Villa Finzi, quartiere di Gorla, a pochi passi da viale Monza. Da fonti storiche risulta che la grotta e il tempio furono edificati per volere del conte Antonio Giuseppe Batthyany che acquistò la proprietà nel 1829. Alla famiglia Batthyany si deve l'impianto neoclassico della villa, il giardino paesaggistico, il lago, la grotta e, all'interno di una cavità artificiale un tempo utilizzata come ghiacciaia, la costruzione del Tempio della notte, una struttura che rientra in un complesso progetto architettonico, astronomico e simbolico legato alla massoneria.

L'altro tempio ipogeo si trova a Cernusco sul Naviglio, comune della periferia est di Milano, in pieno centro storico e all'interno del parco dell'ospedale. Il Tempio fu voluto dal conte Ambrogio Uboldo, massone, che lo fece costruire nel giardino della sua villa, tra il 1808 e il 1816.