Fu il secondo sito italiano dopo le incisioni rupestri in Valcamonica ad essere classificato come patrimonio dell'umanità dall'Unesco, insieme con l'affresco del Cenacolo di Leonardo da Vinci che si trova nel refettorio del convento

Le navate, immerse nella penombra, vennero illuminate da Bramante con una monumentale tribuna all'incrocio dei bracci, coperta da una cupola emisferica. Vi aggiunse inoltre due ampie absidi laterali e una terza, oltre il coro, in asse con le navate. L'ordinata scansione degli spazi si riflette anche all'esterno, in un incastro di volumi che culmina nel tiburio che maschera la cupola, con una loggetta che si riallaccia ai motivi dell'architettura paleocristiana e del romanico lombardo.

Il refettorio del Convento di Santa Maria delle Grazie è parte integrante di questo complesso architettonico. Sulla parete nord si trova l'Ultima Cena, capolavoro ineguagliabile, dipinta tra il 1495 e il 1497 da Leonardo da Vinci, il cui lavoro è stato quello di annunciare una nuova era nella storia dell'arte. L'affresco è stato commissionato nel 1495 e completato nel 1487. La rappresentazione di Leonardo da Vinci raffigura  il momento in cui Cristo ha detto  'Uno di voi mi tradirà'. I 12 Apostoli hanno reagito in modi diversi; i loro movimenti e le espressioni sono magnificamente acquisite nell’opera di Leonardoche si è evidentemente  concentrato sull'impatto delle parole di Cristo sugli apostoli e sulle loro reazioni. Questo ha rotto con la rappresentazione tradizionale del passato, sconvolgendo alcune idee.
Il genio dell'artista è visibile soprattutto nell'uso della luce e della forte prospettiva. Le tre finestre dietro i compagni di tavolo e il paesaggio, al di là di creare una luminosità che contrappone la retroilluminazione,  illumina i personaggi dal lato. Il risultato è una combinazione di una particolare prospettiva fiorentinia e classico chiaro/scuro. L’Ultima Cena di Leonardo da Vinci racchiude nella sua perfezione armonica il sapere  di un’epoca attraverso una difficile simbologia esoterica: la conoscenza dell’universo, l’alchimia, la scienza, l’ uomo e Dio.

Gli Apostoli sono raggruppati in modo da rappresentare una stagione ed ognuno è riferito ad un preciso segno zodiacale e a una precisa costellazione, mentre la postura di ognuno rivela l’antimonia tra i segni opposti; inoltre i raggruppamenti permettono di individuare il ternario e il quaternario Cristo è al centro della prospettiva a rappresentare il Sole, origine e armonia del mondo, nonché simbolo della Grande Opera; la posizione e il gesto di ogni Apostolo corrisponde a un determinato colore e a determinate note musicali; le posizioni delle mani  è sovrapponibile a uno spartito musicale in chiave di Do; l’ambiente architettonico dipinto nell’affresco risponde a precise regole geometrico-matematiche;

Gli Apostoli sono raggruppati in modo da rappresentare una stagione ed ognuno è riferito ad un preciso segno zodiacale e a una precisa costellazione, mentre la postura di ognuno rivela l’antimonia tra i segni opposti; inoltre i raggruppamenti permettono di individuare il ternario e il quaternario Cristo è al centro della prospettiva a rappresentare il Sole, origine e armonia del mondo, nonché simbolo della Grande Opera; la posizione e il gesto di ogni Apostolo corrisponde a un determinato colore e a determinate note musicali; le posizioni delle mani  è sovrapponibile a uno spartito musicale in chiave di Do; l’ambiente architettonico dipinto nell’affresco risponde a precise regole geometrico-matematiche;