si conservano due torri delle mura massimianee, una delle quali, alta 14 m, venne inglobata nel Monastero. Il Museo presenta le sezioni greca, etrusca, romana, barbarica e del Gandhara ed è importante per una comprensione della storia di Milano alle origini (pochi sanno che Milano è stata anche capitale durante un periodo dell’impero romano)

Nell'atrio d'ingresso un grande plastico sopvrappone l'attuale città di Milano con l'antica Mediolanum tardo imperiale, con i principali monumenti (tridimensionali) e strutture della città antica, come le mura massimiane, il circo, il teatro, l'anfiteatro, le terme, le antiche basiliche cristiane, il palazzo imperiale, le strade ed i corsi d'acqua. 

Di particolare pregio si segnala la Patera di Parabiago: Si tratta di un grande piatto in argento dedicato al culto orientale della dea Cibele, decorata a sbalzo e che rappresenta la dea insieme ad Attis, il suo amato mortale, al centro di una mappa cosmogonica, nella quale vengono presentati anche simboli di vita, morte e rinascita. Il reperto è molto importante poichè appartiene ad un’epoca in cui i culti pagani coesistevano con la religione cristiana.